Boateng đã có 41 lần thi đấu cho các đội tuyển U-15, U-16, U-19 và U-21 Đức, ghi được 8 bàn thắng. Ngày 20 tháng 7 năm 2005, tại Giải vô địch bóng đá U-21 châu Âu 2005, anh đã có một bàn thắng vào lưới U-19 Hy Lạp từ khoảng cách hơn 40 mét.[59] Bàn thắng này đã được những người xem của một chương trình thể thao nổi tiếng ở Đức bình chọn là Bàn thắng của Tháng.[60]

Boateng bắt đầu khiến cả châu Âu chú ý tại giải vô địch U-19 châu Âu 2005 trong màu áo U-19 Đức, với một bàn thắng từ giữa sân vào lưới U-19 Hy Lạp. Đội tuyển Ghana sau đó đã đề nghị anh cùng họ tham dự World Cup 2006. Nhưng Boateng từ chối vì muốn thi đấu cho đội tuyển Đức. Huấn luyện viên của Hertha Berlin, Dieter Hoeneß, đã khen ngợi quyết định này của Boateng.

Ngày 27 tháng 3 năm 2007, truyền thông Đức đưa tin Boateng đã nói với huấn luyện viên đội tuyển Đức Joachim Löw rằng anh sẽ thi đấu cho Ghana.[61][62]

Nhưng cơ hội ấy không bao giờ đến. Ngày 9 tháng 9 năm 2007, tờ Berliner Morgenpost đưa tin[63] rằng huấn luyện viên đội tuyển U-21 Đức Dieter Eilts quyết định sẽ không triệu tập Boateng nữa vì một sự kiện không vui đã xảy ra tại sân tập của đội trong chuyến du đấu vào tháng 6 năm 2007 ở Pháp[64]. Sau 6 trận chơi cho U21 Đức, bất chấp những lời tán dương liên tục từ giới chuyên môn, HLV Dieter Eilts tuyên bố lạnh lùng sẽ không bao giờ triệu tập Kevin-Prince Boateng nữa. Giới thạo tin cho rằng đã có chuyện gì đó diễn ra khi U21 Đức tập trung cho giải trẻ Toulon, còn lý do của Eilts rất đơn giản: "Tôi không thể triệu tập một người không biết tuân lệnh". Con đường đi đến với Mannschafts của Boateng chính thức kết thúc từ thời điểm đó.

Thời gian đó, hiểu được hy vọng của mình với đội tuyển Đức đã hết, Boateng quyết định sẽ chơi cho Ghana. Ngày 12 tháng 5 năm 2010, FIFA chính thức chấp thuận việc Boateng được chơi cho Ghana (vì trên danh nghĩa anh mang quốc tịch Đức). Đúng 3 ngày sau, anh lại cho nước Đức thêm một lý do để hắt hủi mình, trong trận chung kết FA Cup giữa Portsmouth và Chelsea, Boateng đã có một pha vào bóng khiến Michael Ballack, đội trưởng đội tuyển Đức khi đó đứt dây chằng cổ chân, đồng nghĩa với việc tước quyền dự World Cup của "số 13" và khiến sức mạnh của Mannschafts suy giảm.

Ngày 7 tháng 5 năm 2010, huấn luyện viên trưởng đội tuyển Ghana, ông Milovan Rajevac đã chọn Boateng vào danh sách sơ bộ 30 cầu thủ chuẩn bị cho World Cup 2010.[65] Ngày 12 tháng 5 năm 2010, FIFA cuối cùng đã chấp thuận việc thay đổi quốc tịch của Boateng[66], giúp anh có cơ hội được thi đấu cho Ghana tại World Cup.[67] Ngày 5 tháng 6, anh có trận đấu đấu đầu tiên cho Ghana trong chiến thằng 1-0 trước Latvia.[68] Anh mang tên Prince trên áo đấu, từ tên thánh Kevin-Prince của mình. Điều này là nhằm phân biệt giữa anh và người em trai Jérôme Boateng cũng như người đồng đội ở Ghana Derek Boateng. Anh cũng chọn khoác áo số 23, số áo thi đấu của anhh tại Portsmouth.[69] Ngày 23 tháng 6 năm 2010, Boateng đã có cuộc đối đầu với người em trai Jérôme đang thi đấu cho đội tuyển Đức và trận đấu đã kết thúc với tỉ số 1-0 nghiêng về Đức.[70] Đây là lần đầu tiên trong lịch sử World Cup hai anh em ruột chơi cho hai đội tuyển quốc gia khác nhau đối đầu với nhau.[71]

Ngày 26 tháng 6, trong trận đấu vòng hai với đội tuyển Mỹ trên sân vận động Royal Bafokeng, Boateng đã ghi bàn mở tỉ số trận đấu. Ở phút thứ 5, tận dụng sai lầm của tiền vệ Mỹ Ricardo Clark, Boateng cướp được bóng rồi sau pha dẫn bóng với tốc độ cao, anh đã dứt điểm quyết đoán bằng chân trái vào góc gần ở gần vạch 16m50 đánh bại thủ môn Tim Howard.[72] Chung cuộc Ghana giành chiến thắng 2-1 và lần đầu tiên lọt vào tứ kết World Cup. Tuy nhiên, Ghana cuối cùng đã dừng bước ở tứ kết sau khi thua Uruguay ở những loạt sút luân lưu.

Ngày 4 tháng 11 năm 2011, sau 9 trận thi đấu cho đội tuyển Ghana, ở tuổi 24, Boateng đã tuyên bố từ giã đội tuyển và sự nghiệp quốc tế vì thi đấu ở cường độ cao sẽ ảnh hưởng đến sức khỏe của anh.[73]

World Cup 2014

Mặc dù đã tuyên bố giải nghệ, Boateng sau đó đã trở lại đội tuyển Ghana và vào ngày 1 tháng 10 năm 2013, anh được triệu tập cho trận đấu tại vòng loại World Cup 2014 với Ai Cập.[74] Ngày 4 tháng 11 năm 2013, anh vào sân từ phút thứ 79 và ghi bàn trong trận thua 1-2 của Ghana trước Ai Cập nhưng "Những ngôi sao đen" vẫn lần thứ ba liên tiếp giành quyền vào chơi tại World Cup với tổng tỉ số 7-3 sau hai lượt đấu.[75]

Tháng 6 năm 2014, Boateng được huấn luyện viên James Kwesi Appiah chính thức chọn vào danh sách 23 cầu thủ Ghana tham dự World Cup 2014 tại Brasil.[76] Trong trận đấu đầu tiên tại vòng bảng giữa Ghana với Mỹ mà Ghana để thua 2-1, anh chỉ được vào sân từ băng ghế dự bị.[77] Đến trận đấu thứ hai với Đức, anh được vào sân ngay từ đầu và một lần nữa có dịp tái ngộ người em ruột Jérôme như trong trận đấu bốn năm trước tại Nam Phi.[78]

Ngày 26 tháng 6 năm 2014, chỉ vài giờ trước trận đấu quyết định tấm vé vào vòng đấu loại trực tiếp với Bồ Đào Nha, Boateng và người đồng đội Sulley Muntari đã bị loại khỏi đội hình Ghana tham dự World Cup 2014 và phải trở về nước ngay lập tức. Biện pháp kỷ luật này được đưa ra cho Boateng sau khi anh đã có những lời lẽ xúc phạm nhắm vào huấn luyện viên Appiah trong khi họp đội.[79][80] Ghana bị loại sau vòng bảng sau khi thua Bồ Đào Nha 1-2.